三个隔室,一个妊娠晚期快照
这项研究要回答的问题是:出生前,胎儿免疫系统在全身是统一的,还是按组织分化出不同组织方式。为此,作者构建了恒河猴胎儿三个部位白细胞的单细胞转录图谱:肺、脾和脐带血单核细胞(UCBMC)。研究用脐带血代替胎儿血,原因是脐带血更易获取、体积更大,并且常被用作新生儿外周血的替代样本。
采样时点决定了如何解读每一项结果。胎儿在妊娠日(GD)130至135之间通过计划性剖宫产取出。恒河猴足月妊娠约165天,因此这大约是足月的80%,对应人类妊娠第三孕期、约32周。所以,该图谱描述的是妊娠晚期的一个快照,而不是免疫个体发育的完整轨迹。
样本来自10只定时交配的雌性恒河猴,共产下13个胎儿(46%为雌性)。作者用10x单细胞RNA测序分析白细胞,随后用光谱流式细胞术和测量免疫介质分泌的功能实验验证转录结果。正是这种组合,使论文能够从细胞频率和基因特征推进到关于细胞实际功能的陈述。
胎儿肺偏向髓系和促炎
在测序数据中,肺白细胞以髓系细胞为主,占50.3%;其次是T细胞,占17.2%;B细胞占10.8%。ILC2细胞通过GATA3和IL1RL1表达、以及缺乏经典髓系和适应性细胞标志物来鉴定,几乎只出现在肺中。巨噬细胞只在肺和脾中检测到。
肺单核细胞上调Toll样受体和补体信号,肺特有的差异表达基因富集于电子传递链和细胞因子活性,包括CCL4L1、CXCL3、IL1B和TNFRSF1B。模块评分显示,肺单核细胞的炎症评分最高。作者还指出,与脾和UCBMC相比,胎儿肺中上调的基因富集于免疫耐受,他们将其解释为出生后面对吸入抗原时可能抑制过度活化的刹车。
功能实验支持静息状态下的促炎偏向。未受刺激时,胎儿肺细胞分泌的免疫介质水平总体上高于脾和UCBMC细胞。但刺激之后,肺细胞的反应较小,而脾和UCBMC表现出更强的可诱导反应。静息分泌和刺激后反应是两种不同的测量,论文的论点依赖于将二者分开。
脾承载B细胞成熟和活化的CD4 T细胞
脾主要由T细胞和B细胞簇组成,分别占42.0%和38.8%。其B细胞显示出增强的V(D)J重排和同种型转换特征,CD4 T细胞显示出更高的活化和更高的Treg频率。一个以CD34高表达为标志的小型HSPC簇尤其出现在脾中,与髓外造血一致。
有一处差异值得指出,因为它影响如何解读组成数字。测序显示肺的髓系比例最高,但流式细胞术显示脾的巨噬细胞比例更高。作者给出几种解释:测序是在分选出的活CD45+细胞上进行的,而流式 panel 未包含CD45;单细胞分辨率对细胞状态的分类可能与流式不同;脆弱的红髓和边缘区巨噬细胞可能在样本制备和质量控制中丢失。因此,两种方法给出的细胞频率估计不能互换。
脐带血T细胞携带调控性景观
UCBMC以T细胞为主,占83.0%。其转录谱指向调控而非炎症:UCBMC特有的差异表达基因提示抗炎表型,标志是TGFB1和凋亡诱导受体TNFRSF10A表达升高。UCBMC单核细胞的细胞因子信号基因IL1RAP、JAK1和TGFB1表达也升高,并且病毒和细菌反应模块评分显著更低。
功能数据增加了一个实际限制。病毒刺激只在肺和脾细胞上进行,因为UCBMC数量有限,无法进行。因此,任何抗病毒反应的比较都不能包含脐带血,脐带血的情况依赖于细菌和PMA/Ionomycin刺激,以及其静息转录状态。
NK细胞按组织和CD16状态分化
两个NK细胞簇通过KLRB1和NKG7表达定义,再按FCGR3(CD16)分为CD16+和CD16− NK细胞。它们的组织特异性基因程序不同。肺CD16+ NK细胞独特富集于氧化磷酸化(COX7C)和NK细胞介导的细胞毒性(GZMB、KLRB1、NCR3、PRF1)。肺CD16− NK细胞独特富集于细胞毒性(GZMB、NKG7)、抗病毒免疫(IFI16、IFI27L2、BST2)和趋化(CCL3、VIM)。
脾特有的NK基因指向不同方向:白细胞活化、II型干扰素反应、抗原受体信号和表观遗传调控。UCBMC定义的NK基因与脾 largely 重叠,UCBMC特有基因通过TGFB1和TNFRSF10A提示抗炎表型。实际含义是:NK细胞的组织来源及其CD16状态,会改变其转录组所暗示的功能程序。
肺网络更小但具炎症性
细胞间通讯分析发现,与脾和UCBMC相比,肺的整体细胞间通讯减少,但肺网络带有促炎偏向。肺细胞簇之间出现显著的IL1信号。作者将此与胎儿肺髓系细胞产生IL-1β联系起来,后者与上皮发育和肺成熟有关;同时指出,过度产生可导致过度炎症,而ANXA1等偶联的抗炎信号可能限制它。
这些是从表达数据推断的预测通讯网络,不是实测的信号事件。最好将它们理解为关于哪些细胞亚群可能相互交流的假设,论文自身的框架也将其视为未来机制研究的框架,而不是已证明的因果相互作用。
图谱支持什么,不支持什么
数据支持的最强主张是比较性的:在妊娠晚期,三个隔室是特化的,而不是可互换的。肺富含髓系细胞和ILC2,静息介质分泌高,但刺激后反应减弱;脾承载B细胞成熟和活化的CD4 T细胞;UCBMC以T细胞为主,具有调控性特征。流式细胞术和功能实验证实了这些组织特异性差异,因此这些发现并非纯粹是转录层面的。
若干边界限制了外推。研究覆盖狭窄的妊娠晚期窗口,因此无法描述这些隔室在更早时期如何变化,或出生后如何转变。研究使用恒河猴,选择它是因为系统发育接近、胎盘形态相似、妊娠时间可比,但结果不是人类测量。脐带血替代胎儿血。UCBMC未进行病毒刺激。在测序和流式对巨噬细胞频率不一致的地方,差异尚未解决。
性别效应仅以有限形式出现:在未校正的刺激介质浓度中,IFNγ和CXCL2存在显著的性别×浓度交互作用,雄性胎儿脾在细菌和病毒刺激后IFNγ分泌减少;校正浓度未检测到显著性别交互作用。因此,论文最有用的要点是一条比较规则:评估胎儿免疫准备度时,要说明隔室和测量条件,因为静息分泌、刺激后反应和转录特征对同一组织可能指向不同方向。
本文引用的文献
非人灵长类胎儿肺、脾和脐带血免疫的单细胞图谱
妊娠晚期恒河猴胎儿的肺、脾和脐带血显示出不同的免疫组成和功能偏向:肺富含髓系细胞和ILC2,静息状态呈促炎;脾以T/B细胞为主,伴有B细胞成熟和CD4 T细胞活化;脐带血以T细胞为主,呈调控性景观。
