跨国研究比较涉及分析不同国家背景下的研究，同时考虑方法论、文化视角、资助体系和数据可用性方面的差异。它与单一国家分析的不同之处在于，需要仔细关注可能影响研究问题、解释和适用性的背景因素。主要考虑因素包括语言障碍、不同的学术传统、发表偏倚以及影响研究优先级的社会经济因素。其目标是识别研究结果或方法上的真正差异，而非这些背景差异造成的假象。
例如，比较关于疫苗接种率的公共卫生研究时，需要根据各国不同的医疗基础设施和对医学的文化态度进行调整，并尽可能使用标准化指标。在教育领域，比较学生成绩研究需要了解国家课程、评估方法和社会经济支持体系的差异。文献计量软件等工具可以追踪发表模式和合作网络，而国际数据库（如经合组织统计数据）通常为特定部门提供统一数据。
这种比较方法具有显著优势，如识别全球趋势、最佳实践和特定背景下的解决方案，促进国际合作。然而，其局限性包括数据不兼容、解释中潜在的文化偏倚，以及关于不同观点公平代表性的伦理问题。未来的发展重点是改进数据标准化，促进开放获取以便利跨境分析，并开发更具文化敏感性和伦理的比较研究方法框架。