碱基编辑器能否精准递送至体内目标细胞?
递送是临床转化的最大障碍。碱基编辑器是大型蛋白质,要将其精准递送至目标细胞而不影响其他细胞,难度极大。目前大多数研究都聚焦于解决这一问题。例如,一个研究团队采用逆行注射技术(RIDI),将脂质纳米颗粒直接递送至小鼠胰腺,在胰腺细胞中实现了约20-30%的基因编辑效率和5%的碱基编辑效率[1]。另一个团队则利用聚焦超声,在小鼠肝脏中爆破携带碱基编辑器DNA的微泡,实现了约2.5%的编辑效率[8]。尽管这些数值较低,但已证明该概念在活体动物中可行。
针对脑部疾病,研究团队筛选了一种脂质纳米颗粒库,发现其中一种配方(C3 LNP)能够将碱基编辑器递送至胎鼠和新生小鼠的脑部,从而改善溶酶体贮积症模型中的生化缺陷[9]。他们还展示了在非人灵长类动物胎儿中实现mRNA递送,这是迈向人体应用的关键一步。针对肝脏,一种双功能聚合物可直接靶向肝细胞,单次注射后递送腺嘌呤碱基编辑器,在动脉粥样硬化小鼠模型中实现对ANGPTL-3基因的持久编辑,并持续降低胆固醇水平[3]。这些研究共同表明,递送技术正逐步按器官逐一攻克,但目前尚无一种方法能适用于所有组织。
碱基编辑器的安全性和精准度如何?
碱基编辑器的设计初衷是为了避免传统CRISPR-Cas9技术引发的DNA双链断裂——这种断裂可能导致大片段缺失或染色体重排。实验证据证实了这一优势:在人类血液干细胞中,腺嘌呤碱基编辑器实现了高达90%的编辑效率,且不会像CRISPR-Cas9那样触发DNA损伤反应或抑制细胞生长[12]。同样,在T细胞中,胞嘧啶碱基编辑器能够完成四重基因编辑,而不会导致核型异常或影响细胞增殖[2]。这些都是关键性的安全性改进。
然而,碱基编辑器自身存在安全隐患——可能对基因组或转录组中的非目标位点造成脱靶编辑。一项研究发现,标准胞嘧啶碱基编辑器会引发全基因组和全转录组范围的脱靶突变,但研究人员设计了一种“变压器”碱基编辑器(tBE),该编辑器在结合目标前保持失活状态,从而将脱靶编辑降至背景水平[7]。另一团队在脱氨酶中插入小肽段以缩小其编辑窗口,从而减少旁观者编辑(即目标碱基附近非预期碱基的编辑)[10]。一种名为TadA8r的新型腺嘌呤碱基编辑器变体经过进化,可在更广泛的靶序列(RA序列环境)中高效工作,并成功纠正了PCSK9和ABCA4基因中与疾病相关的突变,同时控制了脱靶效应[11]。这些工程学进展正稳步提升编辑精度。
各项研究在哪些方面达成一致,又在哪些方面存在分歧?
多项研究一致认为,在实现单核苷酸改变方面,碱基编辑比传统CRISPR-Cas9技术更精准、更安全。多篇论文强调,避免产生双链断裂是其关键优势[2][4][5][6][12]。同时,学界普遍认为递送仍是主要瓶颈,每项研究都在攻克不同器官或细胞类型的递送难题[1][3][8][9]。
然而,关于脱靶效应的程度仍存在争议。一项采用聚焦超声递送的研究发现,非病毒递送方式在体内引发的碱基交换脱靶效应比体外更显著[8],这表明递送方法本身可能影响安全性。另一项研究显示,胞嘧啶碱基编辑器(而非腺嘌呤碱基编辑器)会在血液干细胞中触发p53 DNA损伤反应,尽管其程度比CRISPR-Cas9更温和[12]。这说明不同类型的碱基编辑器(胞嘧啶型与腺嘌呤型)可能具有不同的安全性特征。最后,尽管多数研究聚焦于纠正致病突变,但一篇论文提出了不同的策略——通过编辑信号蛋白来治疗心力衰竭——这虽能拓展治疗范围,但也引入了关于长期效应的新未知因素[5]。
关于这些来源
该回答基于12篇经同行评审的研究构建而成——发表于2021年至2026年间,其中7篇为2024年及以后发表,11篇发表于Q1期刊,累计被引330次——这些研究是从15篇通过质量筛选的文献中选出的最具相关性的成果,而该15篇文献又源自一个涵盖超过5亿篇论文的数据库中所检索到的75篇论文。
本文引用的文献
一种临床相关的逆行胰管内注射(RIDI)技术,用于脂质纳米颗粒介导的胰腺碱基编辑。
逆行胰管内注射(RIDI)脂质纳米颗粒可将碱基编辑器递送至小鼠胰腺,实现约20-30%的基因编辑效率及5%的碱基编辑效率,为胰腺疾病的临床相关递送途径提供了验证。
胞嘧啶碱基编辑技术可实现四重编辑的同种异体CART细胞用于治疗T-ALL。
胞嘧啶碱基编辑器能够在无需引发DNA断裂或核型异常的情况下,实现同种异体CAR-T细胞中的四重基因编辑,且编辑后的细胞在小鼠模型中对T-ALL展现出高效杀伤作用。
双功能聚二硫化物通过精准肝细胞碱基编辑实现动脉粥样硬化的“一劳永逸”治疗
一种双功能聚合物将腺嘌呤碱基编辑器精准递送至小鼠肝细胞,单次给药即可实现ANGPTL-3基因的持久编辑并持续降低胆固醇水平,这代表了首个针对动脉粥样硬化的碱基编辑疗法。
打破基因枷锁:碱基编辑在遗传病治疗中的进展
本综述总结了碱基编辑器的原理与递送方法,强调了其在治疗遗传性疾病方面的潜力,同时指出了在特异性、安全性和有效性方面仍需克服的挑战,以实现临床转化。
CRISPR-Cas9碱基编辑技术对心力衰竭信号通路的精准修饰。
本综述提出利用CRISPR-Cas9碱基编辑技术修饰信号通路(如PKCα、CaMKIIδ)以治疗心力衰竭,但指出其在成体心脏递送、长期安全性及免疫反应方面仍面临挑战。
为临床应用而缩小碱基编辑器的努力
本综述描述了为AAV递送而缩小碱基编辑器的策略,包括截除非必需结构域和替换庞大组件,以提升其临床适用性。
消除碱基编辑器引发的全基因组和全转录组脱靶突变
一种带有可裂解脱氨酶抑制剂的变压器碱基编辑器(tBE)在保持靶向编辑的同时,消除了全基因组和全转录组范围的脱靶突变,并在通过AAV递送后使小鼠胆固醇水平降低约30-40%。
利用聚焦超声靶向微泡在肝细胞中进行非病毒体内胞嘧啶碱基编辑
聚焦超声靶向微泡破坏技术(FUTMD)将胞嘧啶碱基编辑器递送至小鼠肝脏,实现了约2.5%的靶向编辑效率,但体内脱靶效应高于体外。
用于先天性脑病治疗性碱基编辑的可电离脂质纳米颗粒
可电离脂质纳米颗粒(C3 LNPs)将腺嘌呤碱基编辑器递送至围产期小鼠大脑,改善了溶酶体贮积症的生化表型,并在胎猴及人类脑组织中实现了mRNA转染。
工程化肽插入型碱基编辑器,提升精准度与安全性
将特定肽段插入碱基编辑器的脱氨酶结构域中,提高了人类细胞中的编辑精度,并减少了旁观者效应和脱靶效应,其中TadA-8e变体表现出强烈的基序偏好性。
一种腺嘌呤碱基编辑器变体扩展了其上下文兼容性
一种进化后的腺嘌呤碱基编辑器变体(TadA8r)将靶序列兼容性扩展至RA序列环境,在控制脱靶效应的同时,成功纠正了PCSK9和ABCA4基因中与疾病相关的突变,其性能优于现有编辑器。
评估人类造血干/祖细胞中的隐蔽性和感知碱基编辑
在人造血干细胞/祖细胞中,腺嘌呤碱基编辑器的编辑效率高达90%,且不会引发p53激活或降低克隆形成能力,这与CRISPR-Cas9不同;但胞嘧啶碱基编辑器确实会激活p53,并降低在小鼠体内的长期植入能力。
