为何某些微生物组疗法在试验中有效，却在其他试验中失败？
最大的差距在于疗效不一致。在复发性艰难梭菌感染中，一项2期试验显示，由8种特定菌株组成的联合制剂（VE303）将复发率降至13.8%，而安慰剂组为36.4%[1]。然而，另一种源自供体的产品CP101，尽管2期数据积极，其3期试验却已终止[1]。这种不一致部分源于供体变异性：依赖全谱供体的产品（如RBX7455）在一项小型1期研究中显示出80-100%的成功率[1]，但由于依赖不同供体，每批产品可能存在差异，导致结果难以复现。
安全性是另一个重大缺口。粪菌移植（FMT）曾将耐药性大肠杆菌菌血症传播给一名肝硬化患者[2]，且持续存在传播病原体或耐药菌的担忧[1]。这一风险在肝病患者等脆弱人群中尤为突出，因其肠道屏障已受损[2]。该领域正转向由克隆细胞库生产的特定菌群组合（如VE303）或单一菌株（如ADS024），这消除了供体变异性并降低了感染风险[1]，但这些产品仍处于早期阶段，且面临自身的监管障碍。
微生物组疗法能否稳定到足以成为真正的药物？
标准化是一个关键缺口。在美国，益生菌通常被归类为膳食补充剂，存在批次间差异大、缺乏监管的问题[2]。例如，在肝病治疗中，益生菌的效果参差不齐——一些开放标签研究显示其能改善肝性脑病的预后，但一项双盲随机对照试验仅发现它降低了全因住院率，而非肝性脑病相关的住院率[2]。这种不一致性使得医生难以判断该信任哪种产品。
明确的细菌联合体提供了一条前进的道路。像VE303（含8种梭菌菌株）和MET-2（含40种细菌物种）这类产品，均通过克隆细胞库生产，确保每批产品成分一致[1]。MET-2增加了肠道微生物多样性，并展现出“支架效应”，有助于恢复甚至未包含在胶囊中的微生物[1]。然而，即便是这些产品也面临挑战：MET-2的开发商因市场竞争激烈，决定停止将其用于艰难梭菌感染的进一步开发[1]，这表明商业可行性是另一个缺口。该领域需要进行大规模、纵向的临床试验，将不同配方进行直接对比，而目前这些研究均未提供此类数据。
我们真的了解这些疗法如何起作用——以及它们对谁有效吗？
一个关键的证据缺口在于机制上的不确定性。我们知道肠道微生物组通过胆汁酸、短链脂肪酸和免疫分子影响肝脏[2]，并通过微生物-肠-脑轴影响大脑[3]。但究竟是哪些细菌菌株或代谢物推动了临床改善，往往尚不明确。例如，在糖尿病性胃肠病中，研究人员提出了一个“微生物-肠神经系统轴”，认为微生物代谢物作用于肠神经系统[4]，但这主要基于临床前数据——人体试验仍然缺乏。
个性化是另一个缺口。患有相同疾病（如肝硬化）的患者，其肠道微生物组可能存在巨大差异[2]。试验设计很少考虑到这种异质性，这或许可以解释为何部分患者有效而其他患者无效。关于肝病微生物组疗法的综述明确呼吁，未来试验应预设微生物组分析及分层[2]。同样，在抑郁症领域，精神益生菌在临床前及早期临床研究中展现出潜力，但由于菌株、剂量和人群的异质性，我们尚不清楚哪些患者获益最大[3]。缺乏这一认知，微生物组疗法便仍停留在“一刀切”的层面，而这种方式往往并不适用。
关于这些来源
该答案基于5篇经同行评审的研究——发表于2023年至2026年间，其中3篇为2024年及以后发表，4篇发表于Q1期刊——这些研究是从6篇通过质量筛选的研究中选出的最相关成果，而后者又源自从超过5亿篇论文的数据库中检索到的65篇文献。
本文引用的文献
未来针对艰难梭菌感染的微生物组疗法
在复发性艰难梭菌感染的治疗中，一项2期试验显示，由8种特定菌株组成的联合制剂（VE303）将复发率降至13.8%，而安慰剂组为36.4%；但另一种源自供体的产品（CP101）的3期试验已被终止，这凸显了疗效的不一致性以及向标准化、非供体依赖性产品的转变趋势。
微生物组疗法在肝脏疾病中的现状与未来
在肝病治疗中，粪菌移植（FMT）展现出潜力（例如改善肝性脑病患者的认知功能），但曾有病例将耐药性大肠杆菌菌血症传播给一名肝硬化患者，凸显了安全性风险。该综述呼吁开展严格的随机对照试验，并指出益生菌因属于补充剂类别而存在批次差异问题。
重度抑郁症中的微生物群-肠-脑轴：病理生理学与心理生物干预
在抑郁症治疗中，通过精神益生菌、益生元和饮食调节肠脑轴在临床前及早期临床研究中展现出潜力，但由于研究设计、菌株类型及人群的异质性，尚无法得出确切结论；仍需开展大规模随机试验。
糖尿病胃肠病中微生物群与肠神经系统的交互作用：从机制洞见到微生物组疗法的桥梁
在糖尿病胃肠病变中，“微生物群-肠神经系统轴”被视为核心枢纽，微生物代谢产物（短链脂肪酸、胆汁酸、色氨酸）作用于肠神经系统，但相关证据主要来自临床前研究；转化挑战及人体试验的缺乏是关键空白。
利用微生物组：基于CRISPR的基因编辑与抗菌肽在对抗抗生素耐药性与癌症中的应用
基于CRISPR的微生物组工程与抗菌肽为对抗抗生素耐药性和癌症提供了潜力，但向临床应用的转化面临伦理、监管和生态方面的障碍；优化稳定性、递送方式及生物利用度是关键的研究空白。