谁获益最大且证据最充分？复发性艰难梭菌感染患者。
微生物组疗法最有力的证据在于预防复发性艰难梭菌感染（rCDI）。这是一个恶性循环：抗生素杀死了导致当前感染的艰难梭菌，但也清除了保护性的肠道微生物，使得艰难梭菌孢子得以萌发并引发再次感染。微生物组疗法旨在恢复这一保护性菌群。在一项关键的口服孢子疗法VOWST（SER-109）的3期临床试验中，仅12%的治疗组患者在8周内出现复发，而安慰剂组为40%——相对风险降低了68%[4][7]。两项3期试验（共349名患者）的综合分析显示，这一获益持续存在：8周复发率仅为9.5%，且在24周内仍保持在15.2%的低水平[2][8]。另一款FDA批准的产品——粪便微生物群活菌-jslm（Rebyota），以单次灌肠给药，在其3期试验中显示8周治愈率为70.6%，而安慰剂组为57.5%[3]。一项包含三项随机对照试验（469名患者）的荟萃分析证实，口服微生物组疗法在8周时显著降低了rCDI复发率（风险比0.57），且安全性特征与安慰剂相似[6]。对于这些患者而言，其获益显著、一致，并得到了多项高质量试验的支持。
那痤疮、新冠或肝病呢？证据要弱得多。
对于痤疮，现有证据并不支持微生物组疗法。一项纳入332名参与者、包含五项随机对照试验的GRADE系统评价和荟萃分析发现，与安慰剂或过氧化苯甲酰相比，基于乳杆菌的益生菌（口服或外用）在减少炎性皮损、非炎性皮损或总皮损数量方面并无显著效果[1]。总皮损数量的合并平均差为-9.07，但这一结果无统计学意义（p=0.13），意味着该结果很可能由偶然因素导致。这是一个典型案例：前景诱人的理论在严格对照研究中未能转化为临床获益。
针对COVID-19相关的肠道菌群失调，一项涵盖27项研究的叙述性与系统性综述发现，益生菌、益生元及粪菌移植（FMT）在缓解症状、减轻炎症及降低死亡率方面显示出积极效果（干预组死亡率0-11%，对照组3-30%）[5]。然而，这些研究异质性较大且多为小规模研究；该综述本身也指出相关证据尚属初步阶段。在肝病领域（包括肝硬化和肝性脑病），FMT及特定菌群组合的早期试验已证实其安全性并显现出一定疗效信号（如改善认知功能、减少住院次数），但尚无大型随机试验证明其确切疗效[9]。目前一项针对肝性脑病的特定菌群组合（VE303）试验正在进行中，但结果尚未公布[9]。因此，尽管这些领域属于活跃的研究前沿，但尚未达到临床应用阶段。
微生物疗法未来能否实现个性化？血型或许很关键。
一项引人入胜的研究表明，微生物组疗法的效果可能取决于你的血型。研究人员发现，A型血且属于“分泌型”（即能将血型抗原分泌到黏液等体液中）的人群，其肠道内一种名为普拉梭菌（Faecalibacterium prausnitzii）的有益细菌丰度更高[10]。这种细菌拥有一个基因簇，使其能够利用A型抗原中的糖类（半乳糖胺，GalNAc）作为营养。普拉梭菌是丁酸盐的主要生产者，而丁酸盐是一种能促进肠道健康的短链脂肪酸。这提示我们，对于涉及普拉梭菌的微生物组疗法——无论是通过饮食、益生菌还是粪菌移植——将供体菌株与受体的血型相匹配，可能会提高定植效果和临床获益[10]。这目前仍是一项研究发现，而非临床建议，但它指向了一个未来：微生物组疗法将根据个体的基因特征进行定制。
关于这些来源
该答案基于10篇经同行评审的研究——发表于2022年至2026年间，其中6篇为2024年或之后发表，8篇发表于Q1期刊——这些研究是从通过质量筛选的10篇研究中选出的最具相关性的成果，而后者又源自从超过5亿篇论文的数据库中检索到的80篇文献。
本文引用的文献
基于乳酸杆菌的微生物组疗法治疗寻常痤疮：一项GRADE系统评价与随机对照试验的荟萃分析
一项针对5项随机对照试验（共332名参与者）的荟萃分析发现，与安慰剂或过氧化苯甲酰相比，乳酸菌益生菌并未显著减少痤疮皮损数量。
一项针对复发性CDI的微生物组疗法的3期试验综合安全性与疗效分析
两项针对口服微生物组疗法VOWST（SER-109）治疗复发性艰难梭菌感染的3期试验（共349名患者）的综合分析显示，8周复发率为9.5%，且该比率在24周内持续保持在较低水平（15.2%）。
针对复发性艰难梭菌感染的处方微生物组疗法：粪便微生物群活菌-jslm
一项关于粪便微生物群活菌-jslm（Rebyota）治疗复发性艰难梭菌感染的综述显示，其3期试验中8周治愈率为70.6%，而安慰剂组为57.5%，且在6个月时超过90%的应答者维持了持久疗效。
口服纯化微生物组疗法对胃肠道微生物组的影响
一项针对VOWST（SER-109）三期试验的事后分析显示，高剂量组显著富集了厚壁菌门，减少了艰难梭菌和肠杆菌科，并增加了保护性次级胆汁酸和短链脂肪酸。
微生物组疗法对COVID-19诱导的肠道菌群失调的影响：一项叙述性与系统性综述
一项对27项研究的系统综述发现，益生菌、益生元及粪菌移植可改善COVID-19患者的症状、减轻炎症并降低死亡率，但相关证据尚属初步阶段。
口服微生物组疗法治疗复发性艰难梭菌感染的安全性与有效性：一项随机对照试验的系统评价与荟萃分析
一项纳入3项随机对照试验（共469名患者）的荟萃分析发现，口腔微生物组疗法在8周时显著降低了艰难梭菌的复发率（风险比为0.57），且其安全性特征与安慰剂相当。
针对复发性艰难梭菌感染的微生物组疗法
一项针对复发性艰难梭菌感染的三期试验综述报告称，SER-109（88%无复发）和RBX2660（70.4%无复发）疗效优于安慰剂，而VE303和NTCD-M3等特定菌群制剂在二期试验中也展现出潜力。
来自SER-109（一种研究性微生物组疗法）在复发性艰难梭菌感染中的3期研究综合疗效分析
一项针对SER-109两项3期研究中349名参与者的综合疗效分析显示，第8周持续临床应答率为90.5%，第24周为84.8%。
微生物组疗法在肝脏疾病中的现状与未来
一项关于肝病微生物组疗法的综述发现，乳果糖和利福昔明已被确立用于肝性脑病，而粪菌移植（FMT）及特定菌群组合（如VE303）仍处于早期试验阶段，虽显示出安全性信号，但尚未证实其疗效。
血型在个性化微生物组疗法中的意义
一项全基因组关联研究发现，A型血且为FUT2分泌型的人群拥有更高水平的普拉梭菌（Faecalibacterium prausnitzii），这表明血型可能影响个性化微生物组疗法。