哪些类型的衰老时钟最能预测衰老速度?它们的验证研究有何不同?

以健康结局为训练目标的下一代表观遗传时钟在预测衰老速度方面优于第一代时钟,但验证方式因时钟类型而异。

直接答案

以健康结局或寿命(而非仅仅实际年龄)为预测目标训练出来的时钟,往往更擅长捕捉衰老速度。在小鼠中,基于对抗衰老干预有反应的DNA位点构建的时钟,与日历年龄的偏差更大,与饮食和体重的关联也更强,同时仍能很好地预测年龄[1][2][3]。在人类中,以健康和疾病信号训练的下一代表观遗传时钟,通常比仅以年龄训练的第一代时钟更能预测与年龄相关的结果[5]。

5篇文献引用

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为什么以健康结局训练的时钟更能捕捉衰老速度

表观遗传时钟通过DNA甲基化来估算生物学年龄。DNA甲基化是DNA上的一种化学标记,会随年龄变化。估算年龄与一个人实际年龄之间的差值称为表观遗传年龄加速(EAA):正值提示生物学衰老更快,负值提示衰老更慢[1][2][3]。仅以预测实际年龄为训练目标的时钟,可能很好地追踪日历年龄,却无法反映一个人衰老得比正常更快还是更慢。

在小鼠中,研究人员构建了三种时钟:一种是不预先筛选DNA位点训练出的通用时钟;一种是在早期发育过程中发生变化的位点上训练出的发育时钟;还有一种是在对热量限制或生长激素受体敲除(已知会影响衰老的干预)有反应的位点上训练出的干预时钟[1][2][3]。三种时钟预测年龄的相关性相近(平均r = 0.89),但干预时钟与实际年龄的偏差更大,中位误差也更高[1][2][3]。这种更大的偏差并非缺陷:它意味着干预时钟捕捉到了通用时钟所平滑掉的生物学差异。

小鼠时钟如何用饮食、体重和寿命进行验证

这些小鼠时钟在一个遗传多样性家族(BXD品系)的339只小鼠中进行了测试,其中一些喂食高脂饮食,一些喂食对照饮食[1][2][3]。干预时钟对饮食最敏感:在对照饮食下,小鼠平均略有年龄减速(−0.04年),而在高脂饮食下平均出现年龄加速(+0.11年)[1][2][3]。通用肝脏时钟和发育肝脏时钟在两种饮食之间没有差异,说明它们对这种代谢挑战的反应较弱。

体重也给出了类似的结果。在开始高脂饮食后仅一两天称重的小鼠中,体重越高,所有时钟上的年龄加速都越大,但在干预时钟上尤为明显(全组织时钟r = 0.45,肝脏时钟r = 0.58)[1][2][3]。当研究人员检验这些时钟对品系寿命的预测能力时,只有通用全组织时钟和肝脏干预时钟显示出显著的负相关——加速衰老伴随更短的品系寿命——但这些相关性较弱,只能解释寿命变异的一小部分[1][2][3]。

人类时钟:下一代模型及其验证结果

在人类中,该领域已从仅以实际年龄训练的第一代时钟,转向以健康、生活方式或年龄相关结局为关联目标训练的下一代时钟[5]。一篇综述这些模型的文章报告,下一代时钟与更多健康和疾病信号相关联,通常更能预测年龄相关结局,并且似乎对干预更敏感[5]。该综述还指出,时钟的选择取决于研究目标,但对于以健康为导向的关联和干预研究,当前证据支持使用下一代模型[5]。

另一种方法使用蛋白质而非DNA甲基化。器官特异性蛋白质组衰老时钟已在大型人群队列中开发和验证,包括英国生物银行(n = 43,616),在这些队列中显示出高准确度,并能预测不同人群中的疾病和长寿[4]。这表明时钟验证并不限于甲基化:基于蛋白质的时钟正在针对疾病和死亡等硬结局进行测试,而不仅仅是日历年龄。

验证研究仍无法确定的问题

小鼠研究表明,干预时钟对饮食和体重的反应更强,但与寿命的关联较弱,且仅限于所测试时钟中的两个[1][2][3]。这意味着一个时钟可以对代谢状态敏感,却不一定能强有力地预测动物能活多久。在人类中,关于下一代时钟的综述报告了对健康结局更强的预测能力,但没有详述各研究使用的验证方法,因此难以比较每个时钟被测试的严格程度[5]。蛋白质组时钟已在大型队列中针对疾病和长寿进行了验证,但摘要没有说明它们与表观遗传时钟的头对头比较结果[4]。

本文引用的文献

1

作者回应:与小鼠表观遗传衰老相关的遗传位点和代谢状态

在BXD小鼠中,干预性表观遗传时钟与实际年龄的偏差比通用时钟或发育时钟更大,预测误差也更高,并且与高脂饮食和体重的关联更强,而所有时钟预测年龄的相关性相近。

2

决定信:与小鼠表观遗传衰老相关的遗传位点和代谢状态

决定信强调,研究比较了三种表观遗传预测因子(通用、发育、干预)在遗传多样性小鼠中的准确性及其与代谢特征和寿命的关联。

3

编辑评价:与小鼠表观遗传衰老相关的遗传位点和代谢状态

编辑评价指出,研究测试了三种表观遗传预测因子在BXD小鼠之间的差异,包括代谢特征和寿命,并为不同预测因子确定了数量性状位点。

4

器官特异性蛋白质组衰老时钟可预测不同人群中的疾病和长寿

器官特异性蛋白质组衰老时钟在英国生物银行(n=43,616)和其他队列中开发并验证,显示出高准确度,并能预测不同人群中的疾病和长寿。

5

第一代与下一代表观遗传衰老时钟:性能和用途的差异

以健康、生活方式或年龄相关结局训练的下一代表观遗传时钟,与更多健康和疾病信号相关联,通常更能预测年龄相关结局,并且似乎比仅以实际年龄训练的第一代时钟对干预更敏感。