对于某些疾病，特定肠道细菌是风险的直接原因，而不仅仅是标志物。
关于因果关系的最有力证据来自孟德尔随机化（MR）研究，这类研究利用遗传变异作为细菌水平的替代指标，以观察其是否直接影响疾病。这些研究旨在排除反向因果（即疾病改变微生物组）和混杂因素的影响。针对癫痫，一项涵盖200多个细菌类群的MR研究发现，β-变形菌纲（Betaproteobacteria）可使癫痫风险因果性增加35.7%（比值比1.357）[1]。这意味着遗传上倾向于携带更多这类细菌的人群，其罹患癫痫的可能性显著更高，提示该细菌可能直接参与疾病发生。
同样，针对阿尔茨海默病，两项大型孟德尔随机化研究发现，16个细菌类群与患病风险降低相关（例如，两歧双歧杆菌使风险降低约13%），而包括β-变形菌纲在内的12个类群则使风险增加高达14%[9]。另一项研究证实，柯林斯菌属是阿尔茨海默病的风险因素，且其效应在携带APOE4基因（该病的主要遗传风险因子）的人群中被放大[5]。这种特定细菌与已知风险基因之间的相互作用强烈指向因果关系，而非仅仅是相关性。
对于2型糖尿病，情况则更为复杂。一项孟德尔随机化研究发现，链球菌科（Streptococcaceae）与欧洲人患2型糖尿病的风险增加17%相关，但这种关联处于临界水平，且未通过严格的统计学校正[2]。然而，一项针对2100多人的大型观察性研究发现，更高的微生物多样性和更多产丁酸菌与较低的胰岛素抵抗及2型糖尿病风险降低49%密切相关（梭菌科1的比值比为0.51）[6]。尽管属于观察性研究，但这项大规模研究控制了多种生活方式因素，使得这些细菌发挥因果作用的可能性具有合理性。
对于其他疾病，如帕金森病，微生物组多样性似乎只是一个标志，而非病因。
并非所有疾病都表现出因果关系。一项涵盖七项帕金森病研究、总计超过1000名受试者的荟萃分析发现，患者与健康对照组在肠道微生物组α多样性（衡量细菌种类数量及均匀度的指标）方面无显著差异[7]。同样，针对多发性硬化症的五项研究也得出类似结论。这表明，对于这些神经系统疾病而言，低多样性并非致病原因，而更可能是疾病本身或其治疗手段（如药物或饮食改变）带来的结果。
相比之下，在心脏移植恢复这类情况下，低多样性则是一个强有力的风险标志。一项2025年针对121名心脏移植受者的研究发现，术后发生感染的患者在移植时肠道微生物多样性显著较低（p=0.0026）[8]。他们的微生物组在组成上也存在差异，有害细菌如肠球菌和肠杆菌目显著增多。在此，低多样性并非直接导致感染，而是表明肠道生态系统脆弱，易受病原体过度生长的影响，因此它成为识别高风险患者的有用临床指标。
微生物组的作用——是病因还是标志——取决于具体疾病和涉及的细菌。
证据表明，“病因还是标志物？”这一问题并无单一答案。对于某些疾病，特定细菌显然具有致病性，这一点在针对癫痫[1]、阿尔茨海默病[5][9]的孟德尔随机化研究中得到证实，在2型糖尿病[2][6]和心血管疾病[4]的研究中也有一定程度的体现。例如，一项孟德尔随机化研究发现，草酸杆菌属会使冠状动脉疾病的风险因果性增加6%[4]。对于多囊卵巢综合征和子宫内膜异位症等生殖内分泌疾病，孟德尔随机化研究也识别出特定细菌会因果性地增加或降低风险，尽管其影响程度较为有限[3]。
然而，对于帕金森病等其他疾病，现有证据表明微生物组更可能是疾病标志物而非致病原因[7]。这一区分至关重要，因为它决定了益生菌、粪菌移植或饮食调整等干预措施是否真正具有预防或治疗疾病的效果。若微生物组是致病原因，改变其构成或许能带来疗效；若仅为疾病标志物，则针对原发疾病或其症状的治疗将更为有效。对您而言，关键在于理解肠道微生物组是一个复杂的生态系统，其与健康的关系具有高度疾病特异性。
关于这些来源
该回答基于9篇经同行评审的研究构建而成——发表于2021年至2025年间，其中2篇为2024年及以后发表，7篇发表于Q1期刊，累计被引用709次——这些研究是从9篇通过质量筛选的文献中选出的最具相关性的成果，而该筛选过程则源于从超过5亿篇论文的数据库中检索到的64篇文献。
本文引用的文献
肠道微生物组在癫痫风险中的作用：一项孟德尔随机化研究
这项针对211个肠道微生物类群的孟德尔随机化研究发现，β-变形菌纲使癫痫风险因果性增加35.7%（OR=1.357），为特定细菌可直接致病提供了有力证据。
28个肠道微生物菌群家族与2型糖尿病风险之间的基因预测因果关系
这项孟德尔随机化研究发现，链球菌科与欧洲人2型糖尿病风险升高17%相关，但该关联处于临界水平，且未通过严格的统计学校正，提示其因果作用较弱或不存在。
肠道微生物组与生殖内分泌疾病：一项孟德尔随机化研究
这项孟德尔随机化研究发现，链球菌属使多囊卵巢综合征（PCOS）风险增加52%（OR=1.52），而Sellimonas属使风险降低31%（OR=0.69），表明特定细菌在生殖内分泌疾病中具有因果作用。
肠道微生物组与心血管疾病之间的因果关联：一项孟德尔随机化研究
这项孟德尔随机化研究发现，草酸杆菌属（Oxalobacter）使冠状动脉疾病风险因果性增加6%（OR=1.06），而梭菌科1（Clostridiaceae_1）使中风风险降低17%（OR=0.83），显示出有害与保护性因果效应并存。
阿尔茨海默病与肠道微生物菌属之间的遗传相关性
本研究利用多基因风险评分表明，柯林斯菌属是阿尔茨海默病的遗传风险因素，且其效应在携带APOE4风险等位基因的人群中被放大，提示该细菌与已知遗传风险因素之间存在因果性相互作用。
胰岛素抵抗和2型糖尿病与肠道微生物多样性的关联
在一项纳入2,166名参与者的横断面研究中，更高的微生物组多样性和更多的产丁酸菌（如梭菌科1）与2型糖尿病风险降低49%相关（OR=0.51），提示其具有保护性因果作用。
肠道微生物组α多样性并非帕金森病和多发性硬化症的标志物
这项涵盖七项研究（共1067名受试者）的荟萃分析发现，帕金森病患者与健康对照组的肠道微生物组α多样性无显著差异，表明多样性并非该疾病的标志物或诱因。
434. 心脏移植受者术后感染与肠道微生物多样性降低及组成特征相关
在一项2025年针对121名心脏移植受者的研究中，移植时较低的肠道微生物组多样性与术后感染显著相关（p=0.0026），同时伴随肠球菌等有害细菌的扩增，表明多样性可作为临床风险标志物。
评估肠道微生物组对阿尔茨海默病的因果效应
这项孟德尔随机化研究发现，16种肠道细菌类群（如双歧杆菌）与阿尔茨海默病风险降低相关（OR值0.867-0.971），而12种类群（如β-变形菌纲）则增加患病风险（OR值1.042-1.140），支持微生物组在阿尔茨海默病中具有因果作用。