为什么“微生物”这个标签有争议
“微生物”一词是一个实用的统称,而不是精确的生物学分类。它一般指小到肉眼看不见的生物,在日常研究中常用来涵盖细菌、古菌、真菌、原生动物和病毒。例如,一篇关于人类肠道微生物群的综述把细菌、病毒、原生动物、古菌、真菌和酵母一起列为该生态系统的组成部分,并统称它们为“微生物”[5]。一篇关于微生物与精神疾病的综述同样把单纯疱疹病毒、流感病毒和新冠病毒等病毒列入它称为微生物的传染性病原体之中[4]。
麻烦之处在于,病毒不是细胞。它们没有自己的代谢,离开宿主就无法繁殖,处在“生命”边界的模糊地带[1]。正因如此,一些研究者主张,微生物的标准分类需要扩展,而不能简单套用。巨型病毒和噬病毒体(感染其他病毒的病毒)的发现,对基于病毒衣壳(包裹病毒的蛋白质外壳)的分类系统提出了挑战,因为其中一些病原体没有真正意义上的衣壳,无法纳入现有分类框架[3]。
把病毒单列一类的理由
反对简单把病毒称为微生物的最强论据是:病毒的生物学与细胞生物有着深刻差异。病毒被描述为前细胞世界最接近的当代形态,一些病毒类群的起源可能早于最后的通用细胞祖先[1]。这种深层的演化分隔,使一些研究者把病毒列为生命的两大“帝国”之一,与细胞生物并列而非从属[2]。
病毒学内部本身也有定义上的纠葛。研究者争论什么算一个病毒“个体”,因为RNA病毒在受感染细胞内以一群略有差异但彼此相关的基因组形式存在,相互作用既可能发生在这一群体内部,也可能发生在不同病毒株之间[1]。这使得围绕病毒划出清晰界线比围绕单个细菌更难。分歧不在于病毒是否微小或数量庞大——它们显然如此——而在于“微生物”这个类别是否适合安放它们。
实践中如何看待这个问题
在大多数实际场合——读一篇医学综述、一项肠道微生物组研究或一篇生态学论文——当作者说“微生物”时,你可以预期病毒被包含在内。这种用法很常见,反映了病毒与细胞微生物在尺度、数量和科研语境上的共性[4][5]。这个标签起的是描述作用,并不是在宣称病毒是细胞。
真正需要区分的地方是演化生物学和分类学。如果问题是病毒是否与细菌属于同一基本类别,答案仍有争议:一些证据支持把它们与细胞微生物归在一起研究,另一些证据则指向独立的演化帝国[2][3]。诚实的总结是:“病毒”和“微生物”在日常用法中相互重叠,但并非同一类别,哪个词合适取决于你问的是实际问题还是根本性的生物学问题。
本文引用的文献
病毒的社会性连续体:对Leeks等人2023年研究的评论
病毒是数量庞大、多样性高的生物实体,处于生命的边界,可作为研究演化的有用模型;由于围绕什么算作病毒个体的争论,它们相对于微生物的分类变得复杂。
微生物与病毒的演化:演化生物学的范式转变?
一些研究者基于演化生物学以及病毒在塑造遗传多样性中的作用,把病毒列为生命的两大“帝国”之一,与细胞生物分开。
噬病毒体如何迫使人们重新审视微生物的分类
巨型病毒和噬病毒体的发现挑战了基于病毒衣壳的传统微生物分类系统,并主张扩展微生物的定义。
微生物与精神疾病:过去、现在与未来
一篇关于微生物与精神疾病的综述把单纯疱疹病毒、流感病毒和新冠病毒等病毒列入它当作微生物处理的传染性病原体之中。
参与宿主与肠道微生物组相互作用的人类基因:调控与致病机制
人类肠道微生物群被描述为包含细菌、病毒、原生动物、古菌、真菌和酵母,它们都被称为微生物。
