“微生物”是实用分类，不是严格的生物学分类
“微生物”这个词并不是像“哺乳动物”或“植物”那样的正式分类阶元。它是一个工作性类别，用来指那些小到不用显微镜就看不见、并且用类似工具研究的生物和因子。一本关于病毒生态学的书指出，给病毒下定义的努力总会引出“什么算微生物”的问题，这说明这条边界在实践中是有争议的[3]。
在这个实用意义上，病毒完全符合。它们很小，与细菌出现在同样的样本里，研究人员也经常把它们放在一起分析。一项关于蝙蝠携带病毒的研究把蝙蝠描述为新发人畜共患微生物（包括病毒）的储存宿主，然后用与其他传染性因子相同的国际分类系统对这些病毒进行分类[1]。
病毒与微生物生活在同一环境，依赖同样的宿主
病毒与微生物出现在相同的环境中，而且常常通过相同的采样方法被检测到。在一项河口海水研究中，研究人员用一种分子技术把来自同一细胞的病毒DNA和微生物DNA关联起来，识别出18种病毒—微生物相互作用，其中包括与先前没有已知病毒的细菌类群相关的病毒[4]。
在瘤胃中，一项研究分析了551个宏基因组，发现病毒可能通过拮抗和互利相互作用在菌株和群落两个层面上调控微生物[2]。病毒并不是微生物群落之外的东西；它们参与决定这个群落如何运作和多样化。
病毒被作为微生物群落的一部分来计数和分类
研究人员调查一个栖息地时，常常把病毒与细菌和其他微生物一起计数。在俄克拉何马州的土壤中，病毒样颗粒的丰度随地点和季节变化，并与气温、土壤氮等环境因素相关，作者把病毒描述为影响微生物丰度、群落结构和进化的因素[5]。
分类也把病毒拉进了微生物的范畴。那项蝙蝠病毒研究按照国际病毒分类委员会的标准识别出120个推定病毒种，把病毒当作有演化谱系、可分类的生物实体[1]。这并不使病毒成为细胞，但确实使它们与微生物归入同一份科学清单。
这个标签说的是怎么研究病毒，而不是病毒由什么构成
把病毒叫作微生物，是在说尺度和生态角色，而不是在说细胞结构。病毒没有细胞，不能自行繁殖，这正是它们是否算生命体存在争议的原因。现有证据并不能解决这场争论；它表明，在生态学和分类学中，病毒被当作微生物世界的一部分来处理，因为它们微小、数量庞大，并且与它们感染的微生物密不可分[2][4][5]。
所以实用的答案是：病毒被视为微生物，因为这是研究它们最有用的类别。它们与微生物一起采样、一起计数、一起分类，并分析它们如何与微生物宿主相互作用。这个标签更多反映的是研究实践，而不是对病毒本质上是什么的最终定论[3]。
本文引用的文献
揭示蝙蝠携带病毒：病毒组进化的全面分类与分析
该研究按照国际病毒分类委员会的标准对蝙蝠携带的病毒进行分类，识别出120个推定病毒种，把病毒视为微生物储存宿主内可分类的因子。
病毒促进瘤胃生态系统中的微生物多样化，并与某些动物生产性状相关
对551个瘤胃宏基因组的分析表明，瘤胃病毒可能通过拮抗和互利相互作用调控微生物，并与动物生产性状相关。
定量病毒生态学：病毒及其微生物宿主的动态
该书指出，给病毒下定义的努力总会引出“什么算微生物”的问题，表明这条边界在实践中存在争议。
Hi-C组装的河口种群基因组揭示病毒—微生物关联及一种噬蓝藻体的广泛相互作用范围
该研究用Hi-C技术在河口把病毒DNA和微生物DNA关联起来，识别出18种病毒—微生物相互作用，其中包括与先前未知宿主相关的病毒。
农田和草原土壤中病毒样颗粒丰度的时间变化及病毒群落的宏基因组比较
在俄克拉何马州的土壤中，病毒样颗粒丰度随季节和土地利用方式变化，病毒被描述为影响微生物丰度、群落结构和进化的因素。