动物和植物是两条独立分支，并非一个包含另一个
看到“动物—植物”这样的说法，很容易想象出一棵家谱树，其中一个位于另一个之上。但证据指向的却是另一幅图景：脊椎动物和陆生植物被认为通过有所不同的过程演化，受不同的控制因素塑造[2]。如果这两个群体在很长的进化时间里一直走在各自独立的道路上，各自适应自己的生活方式，那么这种差异就说得通；而如果一个是从另一个演化而来，就难以解释。
一个有用的类比是两位远房表亲：他们共有一位祖辈，却在不同的国家长大。他们在家族特征上相似，但谁也不是谁的祖先。同样，动物和植物的共同特征可以追溯到同一个起点，而差异则反映了各自独立的演化历史[2]。
比邻而居仍在改变双方
分支独立并不意味着生活互不相干。植物和吃它们的动物陷入了一场持续不断的拉锯，常被称为“军备竞赛”：植物演化出化学防御，动物则演化出绕开防御的办法[1]。一个被充分研究的例子涉及一个酶家族——UDP-糖基转移酶，存在于人类、昆虫和植物中。这些酶帮助生物把糖分子连接到其他物质上，论文将动物与植物之间的这场较量描述为推动该酶家族演化的主要力量[1]。
这是协同进化，不是传代。双方各自回应来自对方的压力，因此这两个谱系在影响彼此演化的同时，仍留在各自的分支上[1]。这种关系更像两个不断抬高各自水平的对手，而不是父母与子女。
比较这两类群能说明什么、不能说明什么
比较植物和动物的演化，有助于理解这两类生命为何不同，但这并不是在说一个产生了另一个。那篇比较论文把问题框定为不同过程和不同控制因素的问题，而不是祖先关系的问题[2]。因此，这种比较解释的是分化，而不是传代。
关于军备竞赛的研究同样描述的是植物与其动物取食者之间的相互作用和相互压力，而不是从植物到动物的传代线[1]。把这两条证据放在一起看，它们支持同一幅图景：彼此独立的谱系共享一个起源，随后通过生态接触相互塑造。
那么动物从何而来？
动物来自一个更早的、与植物共有的祖先，而不是来自植物本身。在那次分化之后，动物走上一条演化路线，植物走上另一条，起作用的机制和压力各不相同[2]。这两个群体真正共享的，是一段长期共存、相互适应的历史，这也是为什么它们的故事常常被放在一起讲述[1]。
本文引用的文献
人类、昆虫和植物中表达的UDP-糖基转移酶（UGT）超家族：动物与植物的军备竞赛和协同进化
植物和以它们为食的动物处于持续的协同进化军备竞赛中，这似乎是推动UDP-糖基转移酶及其他酶演化的主要力量。
植物演化踏着不同的节拍：植物与动物演化机制的比较
脊椎动物的演化和陆生植物的演化是有所不同的过程，受不同的控制因素影响，这与两个群体属于独立演化分支相符。